学院现有计算机科学与技术、信息与通信工程两个一级学科。

其中计算机科学与技术为“十三五”省高校一流学科，其二级学科计算机应用技术是浙江省高校重点学科。现有浙江省现代农业资源智慧管理与应用研究重点实验室、RFID物联网技术浙江省工程实验室、湖州市农业物联网技术研究重点实验室。该学科已经形成了一支结构合理、具有较高学术水平与研究能力的学科梯队，拥有浙江省“万人计划”科技创新领军人才和青年拔尖人才各1人，浙江省“引才计划”特聘专家1人，浙江省“151”人才（重点）1人，浙江省“杰青”2人，浙江省“151”人才（第二、三层次）4 人，浙江省教学名师1人，浙江省高校中青年学科带头人3人，湖州市“1112”人才工程学术带头人8人、“南太湖特支计划”青年拔尖人才1人。

信息与通信工程为湖州市重点学科。